日本に現れ暴れまわるジャイガー。追ってきたガメラが戦うが、ジャイガーの尻尾の針に刺されてダウンしてしまった！！

ジャイガーはガメラの体内に幼虫を産み付けていた。このままではガメラが死んでしまう(あ、マンガではあのゾウさん写真は出てきませんです)。 弘とトミーは博覧会の潜水艦に乗り込んで、ガメラの体の中へ！ジャイガーの幼虫(幼虫、でいいのかな？そう書いてるけど)対決する！

ジャイガー幼虫との対決で、ジャイガーが高周波に弱いことがわかった。ガメラに電気ショックを与えて蘇生させる作戦と、対ジャイガー高周波作戦の同時展開だ！ 復活したガメラも高周波で攻撃。ひるんだジャイガーをかかえて飛ぶ！

封印の悪魔の笛でトドメだ！！ 大魔獣は滅び、ガメラはどこかへ飛び去っていく。

月面基地を破壊した謎の宇宙船は地球に狙いをつける。 一方地球では、健一くんとヘレンちゃんが海洋生物学者のパパと一緒に海岸へ。 はい、これまでせっかく槙村ただし(真樹村正)先生の作画なのに女の子キャラが出てない！とお嘆きの皆様、ついに出ましたよヘレンちゃん。映画より年長さんになったよ😊

飛来した宇宙船を追って、沖へボートを出す一行。ガメラも駆けつけたぞ！ 宇宙船に拉致された健一くんたち。現れた女性はここがジグラ星人の宇宙船だと言い、地震を起こして都市を破壊し地球人に降伏を迫るのだった。

脅しに屈しないパパたちに催眠術をかけ、子供たちも捕まえようとするジグラ星人。 ヘレンちゃんが危ない！(色んな意味で) だが船内のメカに触れると女の動きは止まり、2人はパパたちとともに脱出する！ 海中ではガメラとジグラ円盤の対決が始まった！

ガメラの攻撃で円盤を破壊されたジグラ星人。 「うおお地球とジグラ星の水圧の違いで巨大化してしまった～！」 地上にあげて勝負をつけようとするガメラに 「わはははわたしが陸上では動けないと思ったかガメラ！！」 説明がわかりやすいなあ。 ジグラのビームで、ガメラは動きを止められてしまった。

子どもたちを追って来たジグラ宇宙船の女は、電波の力で正気を取り戻した。彼女は月基地の生存者で、ジグラにコントロールされていたのだ。 ジグラのビームで動きを止めたガメラも、同じように意識を取り戻せるかも。健一くんたちは探査潜水艇バチスカーフで海底へ向かう。

バチスカーフがジグラに見つかり作戦失敗？！かと思われたが、落雷を受けてガメラ復活！ ジグラを陸に運んで反撃だ！ しかしジグラは強い。破壊光線の連射でガメラ大ピンチ！

ガメラのピンチを救うため、ヘレンちゃんがジグラにハニートラップ？！気を引いたところに健一くんの目眩まし！今だ！ ガメラの投げた岩が刺さって、もうビーム攻撃が出来ないぞ！！

火炎放射でやっつけろ！！ 「ファイヤーッ！」 去っていくガメラ。健一くんとヘレンちゃんは、海や自然を大切にすることをガメラに約束するのだった。