作画はギャオス、ギロンに続いて、はまだよしみ先生。 星々を襲い略奪をくりひろげる宇宙艦ザノン号。地球に狙いを定めた海賊戦艦だが、地球にはすでに平和星M88星の宇宙人キララ、ミータン、マーシャの3人がいた！

宇宙海賊ザノン号は、仲間のギルゲと怪獣ギャオスを地球へ送り込んだ。 「こんな時ガメラが来てくれれば…」 亀大好き少年圭一くんの言葉を聞いて、平和星人は宇宙パワーでガメラを呼び寄せた！ がんばれガメラ！

ギャオス、ジグラ、バイラス。次から次へと出現する怪獣たちを撃破するガメラ。

魔獣ジャイガーを倒したガメラ。ギルゲはガメラにコントロール装置を付けて操り、街を攻撃させる。 平和星人キララは宇宙人の姿に戻り、捨て身の作戦でコントロール装置を破壊した！

ギロン、バルゴンを倒すぼくらのガメラ！ 作戦失敗したギルゲに、あわれザノン号のビームが…！

怪獣軍団を倒された宇宙海賊は、ついにザノン号で地球攻撃を開始する！(だったら最初から…いや、いいんですけど) ガメラ飛ぶ！！ まっしぐらにザノン号へ向かって！！ ドガーン！！ 悪は滅びた。「ガメラー！！」

ストーリーは映画どおり…と思ってたけど、意外に違ってますね。 冒頭、ガメラとギャオスの夢を見る浅黄。浅黄パパはこれが漂流環礁事件と無関係でないと感じ、調査船に浅黄を乗船させる。 漫画の浅黄ちゃんは映画より子供っぽい感じ。

漂流環礁に遭遇した米森は草薙パパの調査に同行を願い出るが、断られて密航！ 一方姫神島では惨劇が…。 コロンボみたいな大迫さんと長峰の出会い。 役者が揃ってきました。

漂流する環礁の正体は巨大な生物だった！？ 姫神島を襲ったのは空飛ぶ怪獣！！ そして舞台は福岡ドームへ…。

環礁の碑文は「最後の希望ガメラ」「災いの影ギャオス」。 福岡ドームから飛び去ったガメラとギャオスは再びあいまみえる。 勾玉の力か、ガメラと共に血を流す浅黄。

ギャオスを追うも、自衛隊の攻撃を受けるガメラ。 傷を癒すため眠りについたガメラをしり目に、巨大成長したギャオスは東京を襲撃する。

ギャオスに占拠された東京。 「ガメラはどこだー！？」マンガみたいに手のひら返す斉藤審議官(マンガなのよ)。 麻宮サキのヨーヨーの様に勾玉を持ってやって来る浅黄ちゃん。 ガメラとギャオスの最終決戦が開始された！！