漂流する環礁の正体は巨大な生物だった！？ 姫神島を襲ったのは空飛ぶ怪獣！！ そして舞台は福岡ドームへ…。

漂流環礁に遭遇した米森は草薙パパの調査に同行を願い出るが、断られて密航！ 一方姫神島では惨劇が…。 コロンボみたいな大迫さんと長峰の出会い。 役者が揃ってきました。

ストーリーは映画どおり…と思ってたけど、意外に違ってますね。 冒頭、ガメラとギャオスの夢を見る浅黄。浅黄パパはこれが漂流環礁事件と無関係でないと感じ、調査船に浅黄を乗船させる。 漫画の浅黄ちゃんは映画より子供っぽい感じ。

怪獣軍団を倒された宇宙海賊は、ついにザノン号で地球攻撃を開始する！(だったら最初から…いや、いいんですけど) ガメラ飛ぶ！！ まっしぐらにザノン号へ向かって！！ ドガーン！！ 悪は滅びた。「ガメラー！！」

ギロン、バルゴンを倒すぼくらのガメラ！ 作戦失敗したギルゲに、あわれザノン号のビームが…！

魔獣ジャイガーを倒したガメラ。ギルゲはガメラにコントロール装置を付けて操り、街を攻撃させる。 平和星人キララは宇宙人の姿に戻り、捨て身の作戦でコントロール装置を破壊した！

ギャオス、ジグラ、バイラス。次から次へと出現する怪獣たちを撃破するガメラ。

宇宙海賊ザノン号は、仲間のギルゲと怪獣ギャオスを地球へ送り込んだ。 「こんな時ガメラが来てくれれば…」 亀大好き少年圭一くんの言葉を聞いて、平和星人は宇宙パワーでガメラを呼び寄せた！ がんばれガメラ！

作画はギャオス、ギロンに続いて、はまだよしみ先生。 星々を襲い略奪をくりひろげる宇宙艦ザノン号。地球に狙いを定めた海賊戦艦だが、地球にはすでに平和星M88星の宇宙人キララ、ミータン、マーシャの3人がいた！

火炎放射でやっつけろ！！ 「ファイヤーッ！」 去っていくガメラ。健一くんとヘレンちゃんは、海や自然を大切にすることをガメラに約束するのだった。

ガメラのピンチを救うため、ヘレンちゃんがジグラにハニートラップ？！気を引いたところに健一くんの目眩まし！今だ！ ガメラの投げた岩が刺さって、もうビーム攻撃が出来ないぞ！！

バチスカーフがジグラに見つかり作戦失敗？！かと思われたが、落雷を受けてガメラ復活！ ジグラを陸に運んで反撃だ！ しかしジグラは強い。破壊光線の連射でガメラ大ピンチ！