子どもたちを追って来たジグラ宇宙船の女は、電波の力で正気を取り戻した。彼女は月基地の生存者で、ジグラにコントロールされていたのだ。 ジグラのビームで動きを止めたガメラも、同じように意識を取り戻せるかも。健一くんたちは探査潜水艇バチスカーフで海底へ向かう。

ガメラの攻撃で円盤を破壊されたジグラ星人。 「うおお地球とジグラ星の水圧の違いで巨大化してしまった～！」 地上にあげて勝負をつけようとするガメラに 「わはははわたしが陸上では動けないと思ったかガメラ！！」 説明がわかりやすいなあ。 ジグラのビームで、ガメラは動きを止められてしまった。

脅しに屈しないパパたちに催眠術をかけ、子供たちも捕まえようとするジグラ星人。 ヘレンちゃんが危ない！(色んな意味で) だが船内のメカに触れると女の動きは止まり、2人はパパたちとともに脱出する！ 海中ではガメラとジグラ円盤の対決が始まった！

飛来した宇宙船を追って、沖へボートを出す一行。ガメラも駆けつけたぞ！ 宇宙船に拉致された健一くんたち。現れた女性はここがジグラ星人の宇宙船だと言い、地震を起こして都市を破壊し地球人に降伏を迫るのだった。

月面基地を破壊した謎の宇宙船は地球に狙いをつける。 一方地球では、健一くんとヘレンちゃんが海洋生物学者のパパと一緒に海岸へ。 はい、これまでせっかく槙村ただし(真樹村正)先生の作画なのに女の子キャラが出てない！とお嘆きの皆様、ついに出ましたよヘレンちゃん。映画より年長さんになったよ😊

封印の悪魔の笛でトドメだ！！ 大魔獣は滅び、ガメラはどこかへ飛び去っていく。

ジャイガー幼虫との対決で、ジャイガーが高周波に弱いことがわかった。ガメラに電気ショックを与えて蘇生させる作戦と、対ジャイガー高周波作戦の同時展開だ！ 復活したガメラも高周波で攻撃。ひるんだジャイガーをかかえて飛ぶ！

ジャイガーはガメラの体内に幼虫を産み付けていた。このままではガメラが死んでしまう(あ、マンガではあのゾウさん写真は出てきませんです)。 弘とトミーは博覧会の潜水艦に乗り込んで、ガメラの体の中へ！ジャイガーの幼虫(幼虫、でいいのかな？そう書いてるけど)対決する！

日本に現れ暴れまわるジャイガー。追ってきたガメラが戦うが、ジャイガーの尻尾の針に刺されてダウンしてしまった！！

悪魔の笛の像の下に眠っていたのは大魔獣ジャイガーだ！ ジャイガーに飛びかかったガメラに強烈なラリアット攻撃！！ ガメラを足止めしたジャイガーは、悪魔の笛を追って日本へ向かった。

世界の古代遺跡を集めた民族博覧会が日本で開かれる(大阪万博じゃないのね)。ウエスター島からは悪魔の笛と呼ばれる石像が運ばれてこようとしていたが、そこへガメラが。人間の味方のガメラが何故？！

ガメラの大車輪！！ 激闘の末ギロンを倒したガメラは直した宇宙船に明夫とトムを乗せ、地球に帰るのであった。